Tijdens het Beleg van Leiden speelde Voorschoten een belangrijke strategische rol vanwege zijn ligging ten zuiden van de belegerde stad. De Spaanse generaal Francisco de Valdez gebruikte Voorschoten als onderdeel van zijn verdedigingsplan om Leiden te omsingelen. Hij bouwde drie ringen van schansen en versterkingen rond Leiden, en Voorschoten vormde een cruciale schakel in deze linie. De schansen die daar werden aangelegd, dienden als verdedigingsposten om te voorkomen dat versterkingen of bevoorrading Leiden konden bereiken.

Omdat Voorschoten op een strandwal lag, werd het ook gebruikt door de Spaanse troepen als een stabiel punt in het overstroomde landschap. Toen Willem van Oranje het besluit nam om de dijken door te steken en het land onder water te zetten om de Spaanse belegering te doorbreken, was Voorschoten een van de gebieden die zwaar getroffen werd door deze inundaties. De overstromingen vernietigden de landerijen rondom het dorp, waardoor gewassen en vee verloren gingen. Dit maakte de omgeving van Voorschoten lange tijd onbruikbaar voor landbouw.

Daarnaast was Voorschoten getuige van de strijd tussen de Watergeuzen en de Spaanse troepen. De Watergeuzen, onder leiding van Louis de Boisot, trokken door het overstroomde land om Leiden te bevrijden. Ze passeerden Voorschoten en nabijgelegen gebieden zoals Zoeterwoude op hun weg naar de stad. Hoewel Voorschoten zelf niet direct het middelpunt van grote veldslagen was, bevond het zich wel in de frontlinie van het conflict, waarbij het als steunpunt diende voor de Spaanse troepen.

De rol van Voorschoten tijdens het beleg was dus tweeledig: enerzijds was het een belangrijk verdedigingspunt voor de Spanjaarden, anderzijds leed het dorp zwaar onder de overstromingen en verwoestingen die gepaard gingen met de belegering. Na de bevrijding van Leiden waren de schansen in Voorschoten verlaten, en het dorp moest net als de omliggende gebieden jarenlang herstellen van de schade die de oorlog had aangericht.